もし、税務署長等がした更正の内容に不服があるときは、以下のような救済制度があります。
Ⅰ税務署長等に異議申し立て
税務調査の結果、税務署長等が下した更正処分に対して不服がある場合には、一定の場合を除いて、納税者はその処分をした税務署長等に異議の申立てをすることが可能です。
期間は処分があったことを知った日の翌日から２か月以内です。
Ⅱ国税不服審判所長に審査請求
Ⅰの異議の申立ての結果としての決定に、更に不服がある場合などは、一定の場合を除いて、国税不服審判所長に審査請求をすることが可能です。
※青色申告書に係る更正に不服がある場合には、Ⅰの異議申立てを経ないで直接審査請求をすることも可能です。
期間は異議決定書謄本の送達があった日の翌日から１か月以内です。
（異議申立てを経ない場合は、処分があったことを知った日の翌日から２か月以内）
Ⅲ裁判所に訴訟の提起
Ⅱの審査請求の裁決に不服がある場合には、裁判所に対し、その処分の取消しを求める訴えを提起することが可能です。
期間は裁決があったことを知った日から３か月以内です。